A história de “O Estado de S. Paulo” começa com a criação do jornal “A Provincia de São Paulo”, em 4 de janeiro de 1875, órgão oficial do Partido Republicano Paulista (PRP) e representante das elites agrárias insatisfeitas com o Império. O jornal combateu a centralização política e administrativa e defendeu eleições diretas para o Senado e os presidentes das províncias, assim como a separação entre a religião e Estado e o fim gradual da escravidão. Depois da proclamação da República, o jornal passou a se chamar “O Estado de S. Paulo”.
O “Estadão”, nome pelo qual ficaria conhecido, era também um negócio familiar. Seu primeiro administrador foi Júlio de Mesquita, sucedido por Júlio de Mesquita Filho e por outros descendentes. Em 1930, o jornal chegou a apoiar a candidatura presidencial de Getúlio Vargas e a saudar a Revolução de 1930 como marco final do velho sistema oligárquico. Dois anos depois, porém, teve papel ativo no movimento constitucionalista, insurreição paulista que acabaria derrotada pelas forças aliadas a Getúlio. Os donos do jornal se exilaram, retornando ao país em 1934, quando Getúlio nomeou Armando de Sales Oliveira, amigo da família, como interventor de São Paulo.
Durante a ditadura do Estado Novo, o “Estadão” ficou sob intervenção federal de março de 1940 a dezembro de 1945, quando foi devolvido à família. Mesquita Filho chegou a ser preso 17 vezes, exilou-se na França e depois em Buenos Aires, só retornando ao Brasil em 1943. Após a redemocratização de 1945, o jornal apoiou a recém-fundada União Democrática Nacional (UDN), combateu tudo o lembrava o getulismo e fez oposição ao segundo governo Vargas.
Em 1954, por ocasião do atentado ao jornalista Carlos Lacerda, aplaudiu a instalação da comissão de inquérito conhecida como “República do Galeão” e pregou a renúncia de Getúlio. Após o suicídio do presidente, seus apoiadores, revoltados, atacaram os jornais opositores, inclusive o “Estadão”.
O combate ao trabalhismo, entretanto, acentuou-se. Em 1955, o jornal apoiou abertamente os chefes militares golpistas que tentaram impedir a posse do presidente e do vice-presidente eleitos, Juscelino Kubitschek e João Goulart. Em 1961, bradou contra a condecoração de Ernesto Che Guevara, ministro das Relações Exteriores de Cuba, pelo presidente Jânio Quadros. Após a renúncia de Jânio, hostilizou o presidente empossado João Goulart e atacou Leonel Brizola, do PTB, que comandara a campanha da legalidade.
No início dos anos 1960, o “Estadão” era um importante formador da opinião pública paulista e nacional. Desde outubro de 1956, quando criou o Suplemento Literário, concebido pelo sociólogo Antonio Candido e dirigido pelo crítico de teatro Décio de Almeida Prado, o matutino passara a cobrir e debater com profundidade os assuntos culturais.
Em 1964, o jornal integrou-se à conspiração golpista e festejou a deposição de Goulart — para romper com o regime logo depois, após a edição do AI-2, que dissolveu os partidos políticos. Em 13 de dezembro de 1968, quando foi editado o AI-5, a edição do “Estadão”, que trazia o editorial "Instituições em frangalhos", foi apreendida, e a redação teve de se acostumar com a presença de censores, que ficaram até o mês seguinte mas continuaram exercendo seu papel à distância. Publicando poemas e receitas culinárias no espaço das matérias censuradas, o jornal angariou prestígio nos círculos democráticos.
Na década de 1970, dívidas acumuladas com a construção de uma nova sede resultaram numa aguda e prolongada crise financeira do jornal, que enfrentava também a concorrência da “Folha de S.Paulo” e seu novo padrão de jornalismo. Em 2003, os membros da família Mesquita foram substituídos nos postos de comando por gestores profissionais. Em outubro de 2012, o grupo fechou o vespertino “Jornal da Tarde”, publicado pela empresa desde 1966, mas preservou o “Estadão”, a Agência Estado e as rádios Eldorado AM e FM.